Hakan Fidan, 1968 yılında Ankara'da doğmuştur. Kara Kuvvetleri Muhabere Okulu (1986) ve Kara Kuvvetleri Dil Okulu mezunudur. Evlidir. Akademik tahsilinin büyük kısmını TSK'daki görevi esnasında yapmıştır. Almanya'da bulunan NATO Süratli Reaksiyon Kolordusu İstihbarat ve Harekat Başkanlığı'nda yurtdışı görevde bulunmuştur. Bu dönemde, University of Maryland University College'dan Siyaset ve Yönetim Bilimi alanında lisans dereceleri, yurda döndükten sonra Bilkent Üniversitesi Uluslararası İlişkiler Bölümü'nden yüksek lisans ve doktora dereceleri almıştır.

Kısa bir süre MİT Müsteşar Yardımcılığı görevinin ardından, 27 Mayıs 2010 tarihinde MİT Müsteşarı olarak atanmış ve 10 Şubat 2015 tarihinde bu görevinden ayrılmıştır. 10 Şubat 2015 tarihinden geçerli olmak üzere Adalet ve Kalkınma Partisinden milletvekili aday adayı olmak için istifa etti. Ancak 9 Mart 2015 tarihinde yazılı açıklama yaparak aday adaylığı başvurusunu geri çekti. 10 Mart 2015'te görevine geri döndü.