Ayrıca Osmanlı Hükümetinin verdiği görevden ve askerlikten istifa ederek, 23 Temmuz 1919'da Erzurum'da, 4 Eylül 1919'da Sivas'ta toplanan kongrelerin başkanlığını yaptı.
Bu kongrelerde, "Düşman işgaline karşı milletin vatanı savunacağı, bu amaçla geçici bir hükümetin kurulacağı ve bir milli meclisin toplanacağı, manda ve himayenin kabul edilmeyeceği" kararları alındı ve açıklandı.
Türkiye Büyük Millet Meclisi (TBMM), onun çabalarıyla 23 Nisan 1920'de Ankara'da tarihi görevine başladı. Mustafa Kemal Atatürk, Meclis ve Hükümet Başkanı seçildi.